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还是拿锦衣卫举例。锦衣卫在万历四十八年，提报了十一万五千两银子，六万石粮食，以及一万匹布作为兵饷。但在发给锦衣卫的货币以及实物中，只有在京的五大千户所，走的是户部账。综算下来以银两计，大概只有六万八千两银子。
而京师之外的百户所，则是从临近的其他卫所，或是州县支取钱粮以供使用的。至于那些在锦衣卫册子上的军官们，便与其他的武官一样，通算在官员俸禄一项，而不在锦衣卫兵饷一项。
司礼监在对户部报上来的数字进行核算的时候，同时引用了西厂稽查局早期查账的成果。以单个衙门的总收入账，与户部及其他衙门报上来的零散支出账，进行了比对。最后得出的结果是，账面上存在大量无法完全对应的收支。但是，收支之间的偏离程度在可以接受的范围之内。
上报皇帝之后，皇帝也认可了这样的差额。所以司礼监也就没有在这些“细小”的问题上对户部发起诘问。
“扣除京师税出的一百二十四万九千三百五十二两。剩下的三百七十五万六百四十八两，将全部投用于北方军镇。至于具体如何分配，惯例由兵部自行安排。”李汝华总结道：“以上，就是去年田赋正税以及太仓收支的部分了。”
小四百万两是完全不够九边军镇使用的，更何况还有辽东那个三百二十万两起跳的吞金兽。但就像太仓收入只是国家税收中的一部分那样。由太仓供给边镇的军饷，也只是边镇收入的一部分。
实际上，边镇收入的构成非常复杂。除了太仓银，还有北京解运的粮食，北方省份解运的粮饷，边镇自己的屯垦收成。
以及，基于盐的收入。
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基于盐的收入实际上包括两部分，一是通过开中法召商支边，二则盐课折银。
所谓开中法，简单来讲就是解粮支边换取食盐。但实际操作起来却复杂得不得了。先是户部授权边镇军官，允许他们接收商人的粮草，然后开出仓钞，仓钞一式两份，一份交给商人，另一份发给由户部管理的盐运司。这种仓钞并不能直接兑换成现金，也不能直接兑换成食盐。商人必须将之出示给盐运司核验，以换取盐引才有可能拿到食盐。
而之所以说是可能，是因为仓钞或者盐引常常被超发。而在盐课折银之后，盐产量的下降进一步恶化了这种显现。反正朝廷只要求盐户交银子，至于银子是不是来自产出的盐，朝廷是不管的。
尽管户部在理论上统管盐业，但实际上，大明朝从来没有一个主管盐业专卖的衙门或者官员，户部尚书只在名义上统管各都转运盐使司和盐课提举司。
朝廷在各地的盐业管理机构，包括两淮、两浙、长芦、山东、福建、河东等六个都转运盐使司，和灵州、广东、四川、云南等八个盐课提举司，其中广东两个，云南四个。
每个都转运盐使司都控制着一个主要的产区，每个盐课提举司则控制着一个略小的区域。这些管理机构通常并不跨越省界进行管理，唯一的例外是两浙都转运盐使司，其管辖范围包括浙江和南直隶一部分地区。
万历三年，时任户部尚书王国光得到元辅张居正的支持，对盐业的管理进行了大明历史上首次改革。王国光要求各地盐衙门，将其下所有的账目提交给山东清吏司。而在此之前，各地盐务账目还归属本地对应的户部各司。
不过这种程序上的改变，仅仅影响到账册管理。虽然山东清吏司从那时开始处理所有的文书工作，但山东清吏司郎中并没有成为户部尚书之下的盐务总管。名义上的盐务总管仍旧是户部尚书，而这么一个盐务总管根本管不到地方上的盐业提举衙门。地方上产了多少盐，户部不知道，能产多少盐，户部还是不知道。
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